五年的追逐化為泡影，隨著X檔案的關閉，?？怂埂つ碌拢ù笮l·杜楚尼 David Duchovny 飾）和丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）被迫調任處理一些平常的案件。某天，美國得州達拉斯市發生一起爆炸案。雖然穆德和斯科莉極力疏散寫字樓內的人群，但爆炸還是奪取了4名無辜者的性命，他們也因此受到上級的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名犧牲者早在爆炸之前便已死亡，所謂爆炸案不過是某個神秘部門為了掩蓋證據而實施的騙局。該部門據說多年來一直從事外星人的研究，并且他們的研究足以導致人類的毀滅。兩名搭檔決定徹查此事，但是神秘且難以抗拒的力量無時無刻不在阻撓他們追尋真相的腳步…… 本片為同名美劇的第一部劇場版。
FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior officers try to shut him down and the only clue is a mysterious old woman.
X檔案關閉后，穆德（David Duchovny 大衛?杜楚尼 飾）和斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮?安德森 飾）被分開。穆德受命執行監聽工作，斯科莉則回到學院讀書?！ ∧橙諊鴷h員麥特森（Raymond J. Barry 飾）向穆德透露一條消息，稱在波多黎各接收到外星人的電訊。為了在特種部隊之前找到外星人的證據，穆德只身前往。得知消息的斯科莉趕到穆德住處，從電腦中的旅客名單中找到線索，尾隨來到波多黎各?！ ≡诓ǘ嗬韪靼⒗紫２?，穆德偶遇一個當地人，并從他手里得到一幅外星人的畫。但不久后此人便離奇死去。穆德最終能否找到外星人來訪的證據？
美國FBI探員福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）童年時曾經歷一起離奇神秘的綁架案，他的妹妹薩曼莎在睡夢中被外星人劫持，至今下落不明。從此穆德便專注于神秘事件的研究，并專門負責FBI總部的X檔案部門。因穆德行事乖張，難以駕馭。FBI高層從聯邦調查局學院調來女性探員黛娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾），表面上是協助穆德工作，實際上是希望這名崇尚科學的理性探員能夠制約穆德的行為。兩人最初的合作并不理想，完全不同的思維模式時刻導致爭論的爆發。但隨著各種離奇案件的出現以及兩人交往的加深，穆德和斯科莉最終變成可以為對方出生入死的可靠伙伴…… 本片榮獲1996~1999年度美國作曲家、作家及出版商協會影視音樂獎電視劇集第一名以及其他電影節近70個獎項。